Salut,
ce n'est ni au comptable ni à la SSII de contrôler tes prix d'achat. A chaque réception de commande (ou à l'installation quand tu reprends le stock de ton prédecesseur) il faut mettre tes prix à jour. C'est fastidieux, mais nécessaire.
Sinon, en effet, tu te retrouves avec des marges erronnées dans ton logiciel, ce qui peut compliquer le suivi de tes stats...
Mais comme déjà dit la compta officielle est faite à partir des factures, pas du logiciel.